この２試合の勝者が準決勝に進み、ホームチームはより年間勝点の多いチーム。これも一発勝負である。
この勝者が年間勝点１位のチームと決勝を行う。これはホーム・アンド・アウェイで行われ、初戦のホームチームは準決勝の勝利チームである。
なお両ステージの優勝チームが同じ場合や、年間２位、３位のチームがステージ優勝チームと重なった場合などで大会はかなり様変わりする。
（なおJリーグのオフィシャルページでは８通りの大会を想定している）
しかし少なくとも年間勝点３位までにはステージ優勝に関係なく出場できる点は過去の反省から導いた最大の特徴でもある。
こうして概観してみると、各チームの目標は1stステージこそはステージ優勝を狙うことに意味があるが、2ndステージはステージ優勝よりもより年間勝点１位ということになる。
そうすればいきなり決勝に進めるから。
これは競技環境として好ましい条件のように見える。
しかし心配な点として、2ndステージの終盤ですでに年間勝点で１位を確保出来たチームはどうするだろうか？
もちろんステージ優勝すれば５千万円が入るから、普通に考えれば可能性がある限りステージ優勝も目指すと考えるが、逆にステージ優勝の可能性がない場合はどうだろう。
ターンオーバーをひくのが純粋に考えられるが、こうなるとまるでチームのモラルが問われるようになる。
しかし最終節が１１月２２日、チャンピオンシップ１回戦が１１月２５日、準決勝が１１月２８日、決勝が１２月２日及び５日と中２日で４試合をこなさなければならない。
年間１位であれば、１０日ほど休めるが、それを逃すと上記のハードスケジュール。
年間１位と勝ち上がってきたチームではコンディションに差がありすぎる。
さらに天皇杯の状況によってはさらにタフな状況が待っている。
天皇杯４回戦は１１月１１，１４，１５日各地で行われるがこの４回戦からAC出場チームが参加する。
ということは最終節とその前の2ndステージ１６節の間に天皇杯４回戦が入る。