そして、長谷部が積み重ねてきた経験をフランクフルトは見逃さなかった。「引退してもスタッフとして残って欲しい」との厚い信頼を見せてくれたクラブで加入1年目からレギュラーとしてプレー。初年度は決してタレントが多くはないチームが魅力溢れる攻撃サッカーで高い評価を受け、9位と躍進する原動力となり、自身はドイツ移籍後最多のリーグ33試合に出場した。
ただ、加入2年目となった今季は開幕前にフロントが揉めて監督交代があり、長谷部は再び右サイドバックでの起用が多くなった。チーム成績も芳しくなく2部降格圏内に沈み、残り9試合となったタイミングで再び監督交代。ただ、そのニコ・コバチ新監督が長谷部をボランチとして固定。すると、長谷部自身が第31節、マインツ戦でブンデスリーガでは約3年ぶりの得点を挙げ、続く第32節、ボルシア・ドルトムントでは決勝アシストを記録するなど2部降格濃厚の絶望の淵からチームの3連勝に大きく貢献。何とか入れ替え戦行きとなる16位でシーズンを終えた。
